Saint Clare inició sus funciones en el año 1957 ante la inquietud de Monseñor Odio y otros costarricenses de crear un colegio católico bilingüe para señoritas. La labor educativa estuvo bajo la responsabilidad de la Orden School Sisters of Saint Francis. Ellas abren las puertas del colegio en San Vicente de Moravia, a un pequeño grupo de estudiantes (42), inicialmente exclusivo para señoritas. En el año 1970 se convierte en un colegio mixto, con la intención de brindarles, no solo una excelente preparación académica, sino ante todo, con la convicción, fe y esperanza de proporcionarles una formación integral, una educación profundamente humanista que los (as)  preparara para la vida. 

 

La formación espiritual y cristiana son aspectos significativos que forman parte de la herencia de estas pioneras.  

 

 

La innovación educativa fue otro paso importante en la educación en Costa Rica.  En 1979 se empieza a gestar dentro de la Institución una opción pedagógica innovadora y revolucionaria dirigida por el Lic. Quince Duncan, inicialmente conocida como SIDEI y en 1980 se lleva a la práctica como un plan piloto denominado SIPEIN (Sistema Pedagógico Interdisciplinario).